比较物证笔迹与样本笔迹特征的异同通常是先比较大的、总体的方面的特征，如书写水平特征、字形字体特征、文字布局特征、书面言语特征等，然后再比较单字特征。

单字特征的比较一般要按特征比对表排列的先后顺序进行。比较检验中，物证笔迹与样本笔迹之间无论是呈符合点反映还是呈差异点反映都要如实的把它们记录在特征比对表上，记录的方式是特征标志。对物证笔迹特征均应用红笔标志，对样本笔迹如果其与物证笔迹特征相符要用红笔标志，如果特征反映不同要用兰笔标志。