实务中，笔者遇到一起不动产的法律物权与事实物权发生冲突的案件：某公司因经营需要，出资购买位于某市的商品房(下称争议房屋)，但因故委托公司某员工并以其名义与开发商签订《商品房买卖合同》，办理了房屋转移登记手续。同时，双方签订相关协议，以证明争议房屋真正的所有权人。后该公司提出将争议房屋产权办理其名下时，遭到拒绝，该公司遂诉至法院，请求依法确认争议房屋属其所有。

究本案之实质，是法律物权与事实物权冲突引发的司法确权问题。该公司以该员工名义与开发商签订《商品房买卖合同》，涉及两个法律关系：一是该员工与开发商之间形成的商品房买卖关系，该员工与开发商签订了《商品房买卖合同》，双方亦实际履行，争议房屋的产权过户登记到该员工的名下，表明该员工取得争议房屋的法律物权;二是该公司与该员工之间形成的委托关系，该公司与该员工在签订的相关协议中确立了真实的意思表示，即借名购房，该公司是争议房屋的事实物权所有权人。诉讼中，该员工以争议房屋权属证主张所有权，但相关协议足以证明争议房屋的产权属该公司所有，故法院对其抗辩不予采信，依法确认争议房屋之产权归该公司所有。

通常情况下，法律物权与事实物权是一致的。但是，由于各种原因，也会出现法律物权与事实物权的不相吻合的情况。依据民法理论，不动产物权经法律行为而取得、设定、丧失及变更，非经登记不产生效力。法律从保护交易安全出发，赋予登记以公信力，但仅是为了保护因善意信赖登记而取得不动产权利的第三人所设，因此，当不涉及第三人利益的情况下，事实物权与法律物权发生冲突时，法律注重客观事实，虽然事实物权人对不动产的支配缺少登记的公示形式，但只要事实物权人有合法的依据可以证明该不动产的最终归属，就应当保护事实物权人的真实权利。

只是法律赋予法律物权以权利正确性推定的效力。因此，法律物权人在行使权利时，无须举证证明其权利的正确性，而事实物权人在行使权利人欲取得法律的认可和保护，就必须举证推翻法律物权的正确性。本案中，该员工取得了争议房屋的产权登记，可以推定其为权利人，但依据该公司提交的足以证明争议房屋为该公司所有的相关证据，应当依法确认争议房屋属该公司所有，该员工负有将争议房屋返还给该公司的义务，若拒不返还，该公司可另行起诉，以实现所有权的完整权利。