坐动车在卫生间吸烟的，由公安机关责令改正，处五百元以上两千元以下的罚款。

根据相关法律规定，禁止实施的危害铁路安全的行为主要包括动车组列车上吸烟或者在其他列车的禁烟区域吸烟；非法拦截列车、阻断铁路运输；扰乱铁路运输指挥调度机构以及车站、列车的正常秩序等。

《铁路安全管理条例》第九十五条

违反本条例第五十一条、第五十二条、第五十三条、第七十七条规定的，由公安机关责令改正，对单位处1万元以上5万元以下的罚款，对个人处500元以上2000元以下的罚款。