公司自治与《公司法》的关系是公司自治的依据是《公司法》；公司从事经营活动由公司自由决定，自主公司的生产经营，公司的经营活动受《公司法》的约束和调整；公司的生产经营活动有违反《公司法》的规定的，依法进行处罚。

新公司法鼓励公司自治

旧《公司法》的缺陷之一在于重管制、轻自治。其实，现代公司法的定位不是管制公司，而是帮助公司提高经营绩效。

新《公司法》在公司的设立、经营、治理乃至公司解散清算等环节大胆放手鼓励公司与股东自治，扩张公司的商事权利能力与行为能力。

公司自治的主要手段是公司章程自治。新《公司法》允许公司及其股东对公司章程作出个性化设计。例如，第13条允许公司章程自由选择法定代表人由董事长、执行董事或经理担任。第16条对于公司向其他企业投资或者为他人提供担保的情况授权章程自由规定由董事会作出决议，也可以由股东会作出决议。

旧《公司法》第12条第2款规定了公司转投资的限制。该限制严重妨碍了许多公司的投资业务拓展，在实践中颇受企业界批评。不少人对于“百分之五十”的限制比例的立法理由及其妥当性表示疑问。

而且，不少铤而走险的公司违反该规定而开展转投资活动，但公司登记机关难以及时掌握必要的信息，致使这些公司仍能顺利通过年检。为了鼓励公司大胆开展投资活动，新《公司法》第15条彻底废除了转投资限制。

《中华人民共和国公司法》第五条

公司从事经营活动，必须遵守法律、行政法规，遵守社会公德、商业道德，诚实守信，接受政府和社会公众的监督，承担社会责任。公司的合法权益受法律保护，不受侵犯。