税务机关发现某企业未按规定代扣利息、股息、红利所得个人所得税。该企业股东冯某于2010年借款140万元，直到2011年底仍未归还，同时该企业未能提供此笔借款用于生产经营的相关证明。

根据税法相关规定，该企业应代扣代缴冯某“利息、股息、红利所得”个人所得税140×20%=28万元。据此，税务机关责令该企业补扣股东冯某的个人所得税税款，并对该企业未按规定代扣代缴个人所得税的行为做出相应处罚。

税法分析：

根据财税[2003]158号“财政部国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知”的规定：纳税年度内个人投资者从其投资企业(个人独资企业、合伙企业除外)借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。

同时根据国税发[2003]47号“国家税务总局关于贯彻《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则若干具体问题的通知”中明确：负有代扣代缴义务的单位和个人，在支付款项时应按照征管法及其实施细则的规定，将取得款项的纳税人应缴纳的税款代为扣缴，对纳税人拒绝扣缴税款的，扣缴义务人应暂停支付相当于纳税人应纳税款的款项，并在一日之内报告主管税务机关。扣缴义务人违反征管法及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按征管法及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。

因此，对该企业未按规定代扣代缴个人所得税行为责令其限期予以补扣，并给予相应的处罚。