根据企业所得税法的规定，将企业划分为居民纳税人和非居民纳税人，居民纳税人应就来源于中国境内、境外的所得纳税，而非居民纳税人仅负有限纳税义务：“在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得纳税;而未在中国境内设立机构、场所的非居民纳税人，仅就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。”而股权转让所得，以被投资企业所在地来确定收入来源地，即：若被转让企业位于境外则股权转让所得确定为来自于境外，反之亦然。

在中国境内未设立机构、场所或取得的所得与所设立的机构或场所无关的非居民纳税人适用的所得税税率为10%，且境内的支付人具有代扣代缴义务，应在实际支付或到期应支付(权责发生制)时扣缴相应的税款，具体详见国税函(2009)698号文《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》。

一、特殊形式的股权转让所得税的处理

(一)股权转让对价为非货币资产

很多情况下，企业转让股权取得的对价并非全部为货币资金，很可能为股权、资产等非货币性资产，则此等情况下，很可能满足财税[2009]59号文件中特殊性税务处理的条件，股权转让方可暂不确认相应的转让所得，获得递延所得税的效果。具体详见财税[2009]59号文，及财税[2014]109号文。

(二)投资企业撤回或减少投资的税务处理

根据国家税务总局公告2011年第34号第五条之规定：“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补;投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。”

(三)企业转让上市公司限售股有关所得税处理

具体参见国家税务总局公告2011年第39号的规定，该文件对于由个人出资而由企业代持的限售股，企业在转让时的所得税问题作出了明确规定：企业以限售股转让收入扣除限售股原值和合理税费后的余额为该限售股转让所得(不能准确计算该限售股原值的，主管税务机关一律按该限售股转让收入的15%，核定为该限售股原值和合理税费)，企业按规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。