在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

一、合同纠纷案件请问在哪里可以起诉

合同纠纷案件在被告住所地或者合同履行地人民法院起诉。但若合同对履行地点没有约定或者约定不明确，根据争议标的物的性质，确认合同履行地。且合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。

二、承揽承包合同纠纷的管辖法院

如果没有约定，承揽合同纠纷的管辖法院被告住所地或者合同履行地的人民法院。但是双方订立合同的时候可以约定以下法院为管辖法院：被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院。

三、借款合同纠纷到哪里起诉

1、借款合同纠纷由被告住所地或合同履行地法院管辖。

2、通过银行转帐方式借款，当事人能够提供银行的转款证明的，该银行所在地可以认定为合同履行地。另，借款合同中贷款方所在地可以视为合同履行地。

3、当事人在借据或借款合同中有协议管辖的约定，且该约定地点属于被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地，不违反级别管辖规定的，该约定有效，确定管辖时从其约定。约定为合同签订地的，该合同中应同时注明合同签订的具体地点，否则视为协议管辖的约定不明确。