管理机构的设置取决于资金的性质。住房公积金是一种义务性缴存的住房基金，职工缴存的住房公积金是职工个人长期性的住房储金，单位为职工缴存的住房公积金是对原有工资体制下住房消费含量不足的一种补充，是单位对职工住房货币分配的一种形式，两部分都属于职工个人所有，只能用于职工住房消费。这种专为政府推行住房制度改革而设立的政策性住房基金，必须要有一个专门的、独立的机构来管理，由这一专门的、独立的机构将资金集中起来存入银行，设立专户，以落实管理的责任主体，确保资金的使用方向。其次，住房公积金属于职工个人所有的资金性质以及其强制缴存的特征，决定了住房公积金不是财政预算外资金，也不是一般的居民储蓄存款。因此，不能由财政部门来负责住房公积金的运作管理，也不能由人民银行来负责住房公积金的运用管理。再次，住房公积金的归集、使用最终基于政府的信用，要确保资金的专款专用、安全运作，实现建立住房公积金制度的目的，对单位设置的住房公积金管理机构应有科学的决策机构、有效的监督机构。根据这一理论体系，住房公积金管理机构的设置应既有决策机构，又有运作机构，还有监督机构。根据住房公积金的资金性质，《条例》科学地设置了住房公积金的管理机构，即：住房公积金管理委员会作为住房公积金制度的决策机构，住房公积金的重大事项由管委会决定。管委会下设公积金管理中心，作为城市住房公积金的管理运作机构，并且明确管理中心是一个不以营利为目的的、独立的事业单位。与此同时，由管委会指定商业银行承办住房公积金的具体金融业务，政府的财政、审计部门、缴存住房公积金的职工对管理中心依法进行监督。