(一)公安刑事侦查机关系统内部的监督

立法对公安刑事侦查行为规定的内部监督机制，就是侦查人员在实施强制措施之前，必须取得侦查机构负责人的授权或者批准，并由后者签发有关的许可令状，同时，侦查机构采取的其他强制性措施，如搜查人身、住所，扣押文件、物品或邮件，进行电话或其他方式的查询和冻结，以及对公民进行通缉等，也须由侦查机构负责人经审查后予以授权并发布令状。

(二)检察机关自侦案件刑事侦查行为的监督

检察机关对自侦刑事案件的侦查监督和制约完全是靠检察机关内部不同分工来完成的，检察机关的整体设置又是行政化的，在这种行政化机制下，内部监督制约的作用是非常值得怀疑的。相对于公安机关刑事侦查的监督，检察机关自侦刑事侦查行为监督力度更为薄弱，尤如隔靴搔痒。司法实践中检察机关自侦案件侦查行为违法更为突出。

刑事侦查机关的内部制约和监督具有不可克服的缺陷。因为作为侦查机构，公安机关和检察机关往往是作为一个整体开展侦查活动的。侦查机构负责人无论是公安局长还是检察院检察长，都属于侦查活动的领导者和指挥者，与案件侦查活动及其结果存在直接利害关系，因此刑事侦查机关的内部制约和监督不足以发挥根本上的作用。司法实践中屡禁不止的刑讯逼供、超期羁押、违法搜查、任意扣押等违法现象，很多都是在侦查机构负责人授权同意下出现的，侦查机构的内部制约是靠不住的。