格式条款的管辖协议如果不存在法定无效事由就是有效的。即提供格式条款的一方不具有不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任；或者排除对方主要权利等无效的情形。格式条款的管辖协议是否有效的的法律依据

《民法典》第四百九十六条

格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。

第四百九十七条

有下列情形之一的，该格式条款无效：

（一）具有本法第一编第六章第三节和本法第五百零六条规定的无效情形；

（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；

（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。

第五百零六条

合同中的下列免责条款无效：

（一）造成对方人身损害的；

（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。

《中华人民共和国民法典》：第三章　合同的效力　　第五百零六条　合同中的下列免责条款无效：\n　　（一）造成对方人身损害的；\n　　（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。