日本的食品安全体系相对来说较之以前完善了许多。早在1947年，日本就制定了《食品卫生法》，先后对《食品卫生法》进行了10多次修改。2006年新修订的《食品卫生法》中规定，日本开始实施关于食品中残留农药的肯定列表制度，将设定残留限量标准的对象从原先的288种增加到799种，而且必须定期对所有农药和动物药品残留量进行抽检。

为了让消费者放心，日本有关方面还建立了农产品生产履历管理系统，要求生产、流通等各部门采用电子标签，详细记载产品生产和流通过程的各种数据。日本还于2003年出台了《食品安全基本法》，并在内阁府增设了食品安全委员会，以便对涉及食品安全的事务进行管理，并对食品安全作出科学评估。另外，农林水产省设立了食品安全危机管理小组，建立内部联络体制，负责应对突发性重大食品安全问题。