一般是由人民政府处理。土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

一、土地使用权纠纷可以申请调解吗

土地使用权纠纷可以申请调解。如果已经到了诉讼阶段，必须在双方自愿的情形下，人民法院才能调解。

《土地管理法》第十四条第一款至第三款的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

二、农村土地确权纠纷

农村土地确权纠纷时有发生，关于土地的所有权或者使用权纠纷发生后，一般由当事人协商解决，当事人协商不成的，由人民政府的有关部门来进行处理，单位之间的争议，由县级以上人民政府来进行处理，个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府来进行处理。如果当事人对有关人民政府的处理决定不服的

三、土地纠纷找什么部门

土地纠纷分为三类，三种纠纷的处理方式也不同。具体处理方式如下：土地确权纠纷，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理；单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起30日内以作出处理决定的人民政府为被告提起行政诉讼。土地侵权纠纷，由当事人协商解决。协商不成的，可由土地行政主管部门进行行政调处。当事人对行政调处不服的，可以以对方当事人为被告提起民事诉讼；当事人也可不经行政调处直接提起民事诉讼。土地行政争议，按一般行政复议及行政诉讼程序处理。