一、犯罪违法所得的收益怎么处理

犯罪违法所得的收益由公安机关妥善保管，以供核查处理。

《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十条

对查封、扣押的财物及其孳息、文件，公安机关应当妥善保管，以供核查。任何单位和个人不得使用、调换、损毁或者自行处理。对容易腐烂变质及其他不易保管的财物，可以根据具体情况，经县级以上公安机关负责人批准，在拍照或者录像后委托有关部门变卖、拍卖，变卖、拍卖的价款暂予保存，待诉讼终结后一并处理。对违禁品，应当依照国家有关规定处理；对于需要作为证据使用的，应当在诉讼终结后处理。

二、犯罪嫌疑人违法所得怎么认定

行为人通过法律禁止的手段获取的即可认定为违法所得。违法所得没收由人民法院依法执行。人民检察院向人民法院提出没收违法所得的申请，应当制作没收违法所得申请书。对于没收违法所得的申请，人民法院应当在三十日内审查完毕。

《刑事诉讼法》第三百条

人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。对于人民法院依照前款规定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。

三、违法所得是否扣除成本