1、在股权转让交易中，转让方为纳税义务人，而受让股权的一方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务

2、股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

3、股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。

一、依据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[]285号)

1、加强对股权转让所得计税依据的评估和审核

2、是否符合独立交易原则

3、参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定个人股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。

(一)对于个人股东转让股权有以下情形之一的，主管地方税务机关可以采取核定方法征收个人所得税：

1、股权转让价格低于初始投资成本或取得该股权所支付价款的

2、股权转让价格低于同一被投资企业其他股东同时或大约同时、相同或类似条件下股权转让价的

3、股权转让收益率低于同期银行存款利率的

4、转让价格低于个人股东应享有的所投资企业所有者权益份额的

5、有重大影响的个人股东转让企业股权，且企业的土地使用权和房屋建筑物占资产比重超过30%的

6、转让收入中包含难以计价的非货币性资产或其他经济利益

7.纳税人接到主管地方税务机关申报通知仍拒不申报的。

(二)根据个人股权转让的不同情况，主管地方税务机关可选用以下方法核定征收个人所得税

1、近期同企业股权转让的价格(价格明显偏低的除外)

2.资产评估净值份额

3.转让股权的账面净资产份额

4、同期银行定期存款利率

5、主管地方税务机关认为合理的其他方法。

二、并购重组中自然人股东转让股权如何纳税

1、《中华人民共和国个人所得税法》第十二条纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。

2、国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告第六条规定：扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务。

3、《中华人民共和国个人所得税法》第十条有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款。

4、国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告第十九条规定：个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。

因此，有限责任公司自然人股东转让其股权时需要缴纳个人所得税的，一般由企业在办理工商变更时进行纳税申报并在30日内代为缴纳。如存在未代为缴纳情形的，自然人股东也应就其应缴个人所得税额自行申报缴纳。