协议离婚是可以协议孩子的抚养权归属的。离婚协议是双方在自愿平等的基础上，对于自愿离婚，子女抚养，财产，债务等问题作出的约定。双方可以充分协商子女的抚养权归属，例如归男方还是归女方，甚至是男女双方共同抚养。对于不直接抚养子女的一方，应当向子女支付抚养费。双方在确定子女的抚养权归属时，应当本着有利于孩子身心健康，成长的原则。只要双方是自愿协商的，那么协议就是有效的，受法律保护的，签订之后双方应当按照协议来履行。

入狱可以协议离婚吗？

一方入狱可以协议离婚。这种情况协议离婚的，服刑的一方不能亲自到婚姻登记机关办理离婚手续，原则上登记机关工作人员应和未服刑一方到监狱找到服刑人员，在双方都在场的情况下，为其办理离婚手续，但实践中很少这样操作。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。