一、刑事案件在侦查阶段发现新罪怎么处理？

需要补充或者变更起诉，作并罚处理，审判期间，人民法院发现新的事实，可能影响定罪的，可以建议人民检察院补充或者变更起诉；人民检察院不同意或者在七日内未回复意见的，人民法院应当就起诉指控的犯罪事实，依照法律规定作出判决、裁定。

对于是同一犯罪的，正常进行诉讼，犯罪金额累计计算；对于是另种犯罪的，依法重新计算羁押期限；其次，会同原有罪名，予以数罪并罚，判决宣告以后，刑罚执行完毕以前，发现被判刑的犯罪分子在判决宣告以前还有其他罪没有判决的，应当对新发现的罪作出判决，把前后两个判决所判处的刑罚，决定执行的刑罚。已经执行的刑期，应当计算在新判决决定的刑期以内。

二、处理刑事案件的流程有什么？

一般刑事案件从最初的立案到最终审判结果的确定，大致要经过三个阶段，分别是公安机构主要负责的侦查阶段、人民检察院负责的审查起诉阶段以及最终人民法院负责的审判阶段。

在侦查阶段，公安机构可以根据犯罪嫌疑人本身情况以及案件的具体情况，对犯罪嫌疑人采取相应的强制措施，采取相应的侦查手段以明确案件的基本事实，待犯罪事实清楚，证据确实、充分后，由公安机构撰写起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级的人民检察院审查决定。

案件进入检察院以后，检察院须在一个月以内作出是否提起公诉的决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月，在该阶段，检察院的工作重心系在于通过审核案卷材料是否充分、确实，证据是否确凿以明确是否应对犯罪嫌疑人提起公诉。检察院经审查后确定案件材料是事实清楚、证据确凿的，应立即将案件移送法院提起公诉，最终由法院确定被告人是否构成犯罪、触犯何种罪名以及应当给予何种刑罚。

侦查期间发现新的犯罪应当补充或者变更起诉，处理刑事案件主要有三个步骤，首先是公安机构进行的侦查阶段，主要调查案件的基本情况，收集证据；其次是检察院的审查起诉阶段，主要是整理案件的证据，起诉犯罪嫌疑人；最后是人民法院的审判阶段，对犯罪嫌疑人进行判罚。