罚款属于行政处罚，法律、行政法规才能规定罚款的权力，用人单位的规章制度是不能制定相关罚款的条款，条款也是无效的。用人单位特定条件下是可以扣除工资的，但扣工资有严格的标准和相应的限制。

一、公司对员工罚款是否合法

员工与公司签订劳动合同后，要遵守公司规章，积极完成工作。但是，有些员工违反公司规定，不服从公司安排，迟到早退等，造成公司损失。所以，有些公司便想对员工进行罚款处罚，不过，公司要先确定是否有权对员工处罚。首先，罚款属于行政处罚手段之一，而公司不属于行政机关，所以不能对员工罚款。其次，员工工作时出现过错，公司想要处罚员工的，可以采取以下办法：1、在劳动合同中约定员工未完成劳动定额或承包任务，公司可以发放最低工资。不过这里要注意的是，员工未按约定完成工作任务，公司发放最低工资时，不能低于当地最低工资标准。否则的话，这个条款不具有法律效力。2、在员工手册、规章制度中明确违纪处罚规定，并经公司员工同意。虽然按规定公司没有罚款的权利，但是可以在员工手册或是规章制度中规定，一旦员工出现违纪情况，可以向员工说明违纪及处罚情况。不过，这些处罚规定必须向员工们公示，并经员工同意，否则对员工无效。3、以奖代惩，跟员工约定奖金的获得规则，比如“全勤奖”。为促进员工积极性，公司可以设定奖金，若是员工未达到获奖资格，公司就不会发奖金。所以，这其实也是罚款的另一种方式。

二、罚款算行政强制措施吗？

不是，依据行政处罚法的规定，罚款是行政处罚措施之一，处罚机关作出罚款决定的，罚款数额按法律规定执行。《中华人民共和国行政处罚法》第八条，行政处罚的种类:(一)警告;(二)罚款;(三)没收违法所得、没收非法财物;(四)责令停产停业;(五)暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照;(六)行政拘留;(七)法律、行政法规规定的其他行政处罚。第十二条，国务院部、委员会制定的规章可以在法律、行政法规规定的给予行政处罚的行为、种类和幅度的范围内作出具体规定。尚未制定法律、行政法规的，前款规定的国务院部、委员会制定的规章对违反行政管理秩序的行为，可以设定警告或者一定数量罚款的行政处罚。罚款的限额由国务院规定。国务院可以授权具有行政处罚权的直属机构依照本条第一款、第二款的规定，规定行政处罚。

三、检察院不予起诉还能行政处罚

检察院对不予起诉的人不可以直接罚款，其违法行为需要受到行政处罚的，由公安机关执行处罚。如果适用罚款的法律条款，可以依法罚款。检察院决定不予起诉的案件，说明本案不构成犯罪。但是，不构成犯罪的普通违法行为，可能违反了其他法律。如违法行为构成其他法律规定的罚款条款，应该罚款。