公司诽谤员工的赔偿方式是：如果因为他人的诽谤行为自己遭受损失的，他人具有诽谤故意的，可以要求他人承担民事赔偿责任。并且也可以要求其进行赔偿道歉，恢复名誉。

法律依据：《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十二条有下列行为之一的，处5日以下拘留或者500元以下罚款；情节较重的，处5日以上10日以下拘留，可以并处500元以下罚款：

（一）写恐吓信或者以其他方法威胁他人人身安全的；

（二）公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人的；

（三）捏造事实诬告陷害他人，企图使他人受到刑事追究或者受到治安管理处罚的；

（四）对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复的；

（五）多次发送淫秽、侮辱、恐吓或者其他信息，干扰他人正常生活的；

（六）偷窥、偷拍、窃听、散布他人隐私的。

一、诽谤罪的诉讼时效

诽谤罪的追诉时效是五年。

根据《刑法》第二百四十六条第一款规定，以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。

第八十七条规定，犯罪经过下列期限不再追诉：

（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；

（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；

（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；

（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

二、诽谤罪构成要件

诽谤罪构成要件如下：

1.客体是他人的人格尊严、名誉权。犯罪侵犯的对象是自然人；

2.在犯罪客观方面表现为行为人实施捏造并散布某种虚构的事实，足以贬损他人名誉，情节严重的行为；

3.主体是一般主体。