哺乳期起诉离婚两个孩子抚养权的分配根据具体情况而定。对于哺乳期离婚的孩子一般归女方直接抚养，但是女方有不利于孩子身心健康成长情形的除外。法律规定不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。如果父母双方协议孩子由父亲直接抚养，并对子女健康成长无不利影响的，法院是会予以支持的。双可以先协议处理，协议不成的由法院判决。

什么特殊情况可以在哺乳期起诉离婚

1、在女方哺乳、终止妊娠、生产后一年内有特殊情况的，可以起诉离婚，特殊情况包括：

（1）女方怀孕系婚后与他人通奸所致；

（2）女方小产后，身体健康已恢复；

（3）男方受虐待，不堪忍受的；

（4）一方对他方有危害生命、人身安全等情形的。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》：

第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

第一千零八十二条女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。