1、启动条件不同，仲裁的前提是当事人双方达成仲裁协议，表明自愿将争议提交仲裁机关。而民事诉讼不需要双方协商，只要一方的起诉符合法定条件法院就会受理。如选择了仲裁，就不能到法院进行诉讼，即你自己已放弃了诉讼的权利，所以认为仲裁和诉讼可并存是错误的。

2、机构不同，仲裁委是由人民政府组织有关部门(法制局)和商会统一组建，其监督机构是中国仲裁协会，其仲裁员大多是律师和政府机构人员兼职从事;法院的机构是国家法律的审判机构。简单地说，仲裁就是双方当事人在订立合同就约定以后出现纠纷时叫某仲裁机构做“娘舅”，一旦裁定对双方都有法律效力。

3、当事人权利不同，仲裁是当事人有权选择仲裁员。而民事诉讼的审判人员由人民法院决定。

4、程序不同，仲裁实行一审终局制。当事人不得就同一事实再次申请仲裁，也不能向人民法院再行起诉、上诉。而民事诉讼可经过一审、二审和再审三个阶段。并且仲裁一般不公开审理，这有利于保守当事人的商业秘密。而民事诉讼无特殊情况必须公开审理。

5、收费不同，仲裁费没有规定可以减交、缓交、免交，法院有规定。仲裁费比诉讼费高，如二万元的纠纷，仲裁费是1350元，诉讼费是800元。

两者有一定的联系：依当事人申请人民法院有权对仲裁协议的效力进行认定、进行证据保全、财产保全并且可以执行、撤销仲裁裁决。