股权协议中的法律关系主要有三种：第一种是实际股东与名义股东之间的法律关系，第二种是实际股东、名义股东与公司之间的法律关系，三是实际股东、名义股东与公司外第三人的关系。第一种关系只涉及两个人，属于属人法的范畴。因此，如果二者存在争议，只要能够证明二者之间存在关系，实际股东的出资至少应从债权的角度予以确认。但问题是，对于实际股东而言，股权往往比资产生成所产生的债权更为重要。在实际股东请求确认股东身份的问题上，有人认为应将其视为股权持有合同的约定。如果合同中明确规定实际股东为真实股东，享有股东权益，并承担相应的股东义务和责任，则应认定实际股东为真实股东。但笔者认为，虽然实际股东与名义股东之间的关系是基于对公司稳定性的综合考虑，但第二种法律关系的考虑是不可避免的，实际股东隐瞒身份，名义股东按照实际股东的意愿行使股东权利的，在公司和公司其他股东不知道实际股东权利的情况下，为维护公司法律关系的稳定，保护其他股东的利益，不鼓励对实际股东身份的确认。如果实际股东通过名义股东匿名，但公司和其他股东知道实际股东的存在，实际股东直接行使股东权利，承担股东责任。本案中，公司因其他股东知情而丧失了维护公司稳定的抗辩权，实际股东以股东身份参与公司事务后，公司不得否认实际股东的人格，但也应从维护公司稳定的角度，承认实际股东为真正的股东。由于我国尚未纳入“代理”或“持股”的概念，法院在处理类似纠纷时应要求公司将实际股东变更为注册股东。在第三种法律关系中，保护物权人与善意第三人是一对矛盾。在这个信息纷繁复杂的世界里，交易者几乎不可能在公司登记之外发掘隐名股东，这不利于交易安全的保护。因此，现代民法理论确立了善意取得、善意第三人保护、表见代理等民法基本原则。因此，名义股东擅自转让股权时，实际股东无权以名义股东未经其同意为由进行抗辩。同样，名义股东因虚假出资或者其他原因被要求承担股东责任时，无权以其不是实际股东为由进行抗辩。另外，第三人有正当理由不知道工商登记的内容，以实际股东为股东时，实际股东首先不得以非登记股东为理由进行抗辩，代理人和代理人需要知道被投资公司所从事的行业是否有主体资格限制。例如，根据我国外商投资企业行业规定，部分行业限制外商投资，外商投资受限制行业必须经审批机关批准；还有一些行业禁止外国投资者投资，外国投资者对这些行业的投资不受任何法律保护。在这种情况下，如果被投资公司所在行业对投资者主体资格有限制，代理人和代理人通过签订持股协议规避法律的强制性规定，达到曲线投资的目的，这种协议将因违反法律规定而失效。当双方发生纠纷时，合同约定的代理人的权益不受法律保护

其次，应当在合同中明确约定代理人和代理人的权益。在许多情况下，代理人与被持有人之间通过书面协议约定双方的权利义务不明确，导致纠纷发生时股权归属不清。签订协议，明确股权归属，确定双方的权利和义务，将大大降低此类风险

在实践中，代理持票人未经代理持票人同意将股权转让给第三人的情况时有发生。如果第三人是善意受让人，例如第三人不知道代理人与代理人的关系，第三人以合理的价格转让股权，第三人将实际取得股权。为了防止这种情况的发生，代理人一方面需要及时了解代持情况，另一方面可以提前采取一些防范措施，比如提前办理股权转让手续。根据《公司法》的规定，“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”。这意味着股东可以在公司章程中对股权转让作出其他限制。因此，可以认为公司章程中转让股权的股东应当事先通知公司，否则股权转让无效或者公司有权申请注销。这样，在公司控制下，如果代理人未经代理人同意将股权转让给第三人，代理人可以事先了解股权转让情况，然后采取措施保护自己的权益。否则，持有人有权向法院提起诉讼，确认股权转让无效或申请撤销股权转让，以保护自己的权益