(一)相关法律法规滞后，个别政策代替法律，可操作性差。原来的企业破产法是立法当时有计划的商品经济的产物，从立法到程序设置等，远不能适应当前市场经济的要求。在破产界限、破产受理条件，清算组的组成等方面都带有很强的计划经济色彩，特别是清算组的组成上，未能实现清算工作的市场化、专业化。

(二)破产企业债权清收难、资产变现难，债务清偿比例较低。由于债权形成时间长(甚至有的已过诉讼时效)，企业管理上存在疏漏，(有的相关证据都难于找到)，加之破产企业的一些债务人下落不明，或无能力清偿，导致破产企业债权难以清收。对于那些事实清楚却拒不清偿的债务人，就法院而言，本应强制执行，但由于条件所限，无法逐一执行，或不能完全执行到位。破产财产变现主要难在，破产企业陈旧老化的设备本身就不值钱，专用设备的变现又不容易找到买主。而大部分破产企业土地为国家无偿划拨，企业破产后，政府予以收回，不作为破产财产，这就使得地上附属物很难处置。有限的财产在清偿债务时还要按顺序偿还，破产企业拖欠原职工工资和保险费严重，而企业原职工作为第一顺序清偿后，第三顺序债权人不得不在国家税款之后获偿。在上述诸多因素的影响下，一般债权人的清偿比例往往为零，一般债权人特别是银行意见很大。

(三)由于社会保障体系不健全，破产企业职工的保障和再就业安置难度大，易导致上访事件。职工的社会保障和就业安置事关职工的基本生活和社会的稳定，而我国目前尚未建立完善的失业保险制度。很多企业拖欠职工养老金、治疗保险金，企业破产后职工的再就业和生活来源难以保障，且由于劳动能力不平衡等因素，下岗分流职工的安置难以统一，容易引起职工不满，在此问题上，政府、法院、清算组及有关部门虽然尽了许多努力，但仍是破产中最难以克服的难题。因此，职工上访现象较多。