1、股权转让价格真实性难以核实。主要包含主观与客观两方面的因素。一方面因为股权转让的价格直接关系到股权转让人的切实利益，股权转让人主观上存在着隐瞒股权转让价格的动机；另一方面由于受让方在股权转让过程中处于相对弱势，再加上交易中转让价格与股权转让成本的税收征管脱节，如非特殊情况，很难从股权受让方获得股权转让价格的真实信息。

2、对股权转让价格明显偏低的情况缺乏有效的核定征收手段。虽然《征管法》原则性地明确了对于计税价格明显偏低的情况可以核定计税价格，但在实际操作时，对于股权转让价格明显偏低的，税务机关仍缺乏有效的核定征收手段。纳税人维权意识的增强，税务机关面临的行政复议、行政诉讼压力更令税务机关核定征收的工作举步维艰。通过何种方式确定征纳双方均能接受的合理的股权转让价格，是税务机关对股权转让进行核定征收时必须面对的问题。

3、对股权转让缺乏动态监控。由于对股权转让的征管措施尚不完善，对股权转让的交易过程及交易结果均缺乏有效监控。在股权转让发生后，除非纳税人主动进行税务登记变更，否则税务机关不能及时获取到股权转让的动态信息，最终导致了税款的流失。

4、税务机关难以组织有效的事前监控，管理具有滞后性。对于股权转让，由于其本身固有的偶发性，税务机关难以组织有效的事前监控，管理很被动。税务机关往往在股权转让双方已经完成股权转让后，才能从工商管理部门的定期数据交换、税务登记变更等环节获得相关的交易信息，税收征管行为明显滞后。而如果股权转让并未按照国家的有关规定进行工商、税务登记的变更，税务机关更是无法获得相关的信息。