《民法典》规定两夫妻三年不同居了不算是自动离婚，离婚有协议离婚以及诉讼离婚两种方式。根据相关法律规定，只有死亡或者是被宣告死亡，婚姻关系才会自动解除。

法律依据：

《民法典》第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。分开三年不可以算自动离婚，我国法律上没有自动离婚这一说法，如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。分居三年，如果能证明夫妻感情确已破裂，法院可以判决双方离婚。

根据《民法典》第一千零七十九条规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

法律依据：

《民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

《中华人民共和国民法典》：第四章　离婚　　第一千零七十九条　夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。\n人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。\n有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：\n（一）重婚或者与他人同居；\n（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；\n（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；\n（四）因感情不和分居满二年；\n（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。\n一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。\n　　经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。