1、所侵害的利益客体不同：

所谓公共安全，是指社会和公民个人从事和进行正常的生活、工作、学习、娱乐和交往所需要的稳定的外部环境和秩序。

国家安全是国家的基本利益，是一个国家处于没有危险的客观状态，也就是国家没有外部的威胁和侵害也没有内部的混乱和疾患的客观状态

2、具体的罪名不同：

危害国家安全的罪有：

（一）危害国家主权、领土完整和安全、国家政权和社会主义制度罪。

（二）叛变、叛逃罪。

（三）间谍、资敌罪。

危害公共安全罪有：

（一）以危险方法危害公共安全的犯罪。

（二）破坏特定设施、设备的犯罪。

（三）实施暴力、恐怖活动的犯罪。

（四）以枪支、弹药、爆炸物、危险物质为对象的犯罪。

（五）过失造成重大责任事故的犯罪。

妨害传染病防治罪和危害公共安全罪区别

1．两罪在法律规定上的差异。构成妨害传染病防治罪的前提条件是要引起甲类传染病传播或者有传播的严重危险，危害公共安全罪是一种对生命健康或公私财产造成极大损害的严重性社会犯罪；

2．两罪在构成要件层面的差异。犯罪主体不同，危险方法危害公共安全罪其犯罪主体为一般主体，即年满16周岁，精神正常的自然人，其犯罪主体为已经确诊的新型冠状病毒感染肺炎病人、病原携带者以及新型冠状病毒感染肺炎疑似病人。

《中华人民共和国刑法》第一百零八条投敌叛变的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重或者带领武装部队人员、人民警察、民兵投敌叛变的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。