一、机构分类不同

1、医疗保险处机构分为政府机构型、独立经营型和中间型；

2、医保中心分为生育保险科、业务管理科、稽核科、大额保险办公室、医疗服务科、慢性病管理科、医疗管理科、基金征缴科、信息管理科、计划财务科和综合科。

二、机构性质不同

1、医疗保险处从总体上讲是一种社会公益事业，而不是一种商业性的经济活动。因而，作为具体承办这一业务的医疗保险机构，不同于一般的营利性商业保险公司，它是一种非营利机构，在我国也称为事业性机构。

2、医保中心的单位性质是国家行政机关，隶属于当地人力资源和社会保障局。

三、各自的职能

1、医疗保险处的职能

由于医疗保险活动是一种专业性很强的活动，在政府制定有关政策法规和计划时，需要有医疗保险机构的参与。医疗保险机构根据自身掌握的第一手资料，主动为政府制定医疗保险政策法规和计划提供合理依据和建议，也是保证有效开展医疗保险业务的前提。

2、医保中心的职能

（1）协调办理单位行政事务，确保工作有序运转。

（2）负责有关文件、总结、报告和领导讲话等综合文稿的起草工作。

（3）负责公文归档、保管、调阅等工作。

（4）负责来文签收、拟办、传阅、催办、督察落实工作。

（5）负责信息的采集、编写、报送和反馈工作。

（6）负责人大、政协提案的办理和省政府督办事项的落实工作。

（7）负责会务组织、日常接待及相关活动的联络、协调工作。