一般来说，应该起诉拆迁部门，因为认定房屋所有人的土地证和房产证、拆迁决定和具体拆迁进度是拆迁部门的责任。拆迁补偿纠纷如何处理一、拆迁人或拆迁人与房屋承租人未达成拆迁协议并向法院提起民事诉讼的行政裁决人民法院对补偿安置争议，人民法院不予受理，并通知当事人申请裁定。拆迁人与被拆迁人、拆迁人与房屋承租人未就拆迁补偿安置达成协议的，房屋拆迁行政主管部门应当根据当事人的申请作出裁定。由县级以上地方人民政府房屋拆迁行政主管部门执行。房屋拆迁行政主管部门是被拆迁人的，由同级人民政府决定。裁定的内容包括补偿的方式和数额、安置的面积和地点、搬迁期限、过渡方式和期限等。（一）行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁定规定的期限内不搬迁的，拆迁管理部门应当向公安部门申请强制拆迁。（2）司法强制：被拆迁人或者房屋承租人未在裁定规定的搬迁期限内搬迁的，房屋拆迁行政主管部门应当依法向人民法院申请强制拆迁。强制拆迁实施前，拆迁人应当就被拆迁房屋的有关事项向公证机关办理证据保全。行政强制和司法强制只有一种选择。房屋拆迁管理部门要求或者申请强制拆迁时，一定要非常慎重。拆迁补偿安置协议签订后，被拆迁人或者房屋承租人在协议约定的搬迁期限内拒不搬迁的，被拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以提起民事诉讼依法向人民法院起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先行执行。