施工合同纠纷可以通过和解、协商、仲裁、诉讼等方法处理。双方应按照平等互利的原则私下进行和解，和解不成可提请第三方加以协商解决；协商不成时可以根据施工合同的内容交由指定机构进行仲裁，仲裁仍未解决的可以向人民法院提起诉讼。

建筑工程施工合同纠纷

建筑工程施工合同纠纷争议焦点主要突出表现在七个方面：

1、施工合同的效力问题；

2、合同无效是否应进行结算；

3、备案合同和补充协议即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；

4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；

5、工程款结算采取何种标准的问题；

6、诉讼中，造价司法鉴定（司法审价）的范围；

7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。

《仲裁法》第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

《民事诉讼法》第一百二十五条

当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。

《民法典》第五百七十七条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。