商标侵权的查处程序有以下的程序：

(一)案源：投诉和主动发现两大类

(二)管辖：侵权人所在地和侵权行为发生地县级以上工商局

(三)立案：有侵权事实、需要给予行政处罚、属于立案工商局管辖范围、人民法院尚未受理。

(四)调查：工商局行政职权：询问有关当事人;检查与侵权活动有关的物品必要时可以责令封存;调查与侵权活动有关的行为;查阅、复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料。在证据有可能转移或者灭失时，可以采取先行登记保存措施。

(五)核审：是办案机关内部实施监督的一种制度，由本机关法制机构承担。

(六)告知：拟作出处罚的事实、理由、依据，当事人有陈述、申辩的权利。

(七)听证：是《行政处罚法》设立的新的制度。是工商局对属于听证范围的行政处罚案件在作出行政处罚决定之前，依法扣取听证参加人的陈述、申辩和质证的程度。

(八)决定：分为：根据事实和法律，对侵权行为成立的，作出行政处罚;侵权行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚;侵权事实不能成立，不得给予行政处罚;侵权行为已构成犯罪的移送司法机关。

(九)审批;《工商行政管理机关查处商标违法案件监控规定》(97年8月)对以下案件要求自立案之日起，案件调查终结前报商标局：非法经营额100万元以上;非法经营额50万元以上的涉外案件和涉及驰名商标的案件;跨省区重大复杂的案件;商标局交办、批复或者认为需要上报的案件。

(十)执行。

(十一)备案(存档)

简易程序：县级以上工商局对侵权事实确凿并有法定依据，对公民处以50元以下、对法人或其他组织处以1000元以下罚款或者责令立即停止侵权行为的行政处罚可当场作出处罚决定。