1、孩子不是男方亲生的，说明夫妻感情已经破裂，法院会判决离婚。根据相关法律规定，法院在一方有重婚或者与他人同居以及实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员的情况下，应当判决离婚。

2、法律依据：《民法典》

第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

(一)重婚或者与他人同居；

(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

(四)因感情不和分居满二年；

(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

一、发现孩子不是亲生是否可以要求对方赔偿

1、一般来说，配偶权是指夫妻之间互为配偶的基本身份权。配偶权的性质是绝对权，其他任何人均负有不得侵害该配偶权的义务。在现实生活，配偶一方侵害另一方的配偶权，主要表现为对忠实义务的违反。

2、最高人民法院1992年在《关于夫妻关系存续期间男方受欺骗抚养非亲生子女离婚后可否向女方追索抚养费的复函》中规定：“在夫妻关系存续期间，一方与他人通奸生育子女，隐瞒真情，另一方受骗而抚养了非亲生子女，其中离婚后给付的抚养费，受欺骗方要求返还的，可酌情返还，至于在夫妻关系存续期间受骗方支出的抚养费用应否返还，尚需进一步研究。

3、所以由此可知，发现孩子非亲生，在离婚的时候可以要求赔偿。

4、我国《民法典》规定有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：

(1)重婚；

(2)与他人同居；

(3)实施家庭暴力；

(4)虐待、遗弃家庭成员；

(5)有其他重大过错。

要是发现孩子不是亲生，此时并不必然会导致离婚，而根据法律中的规定此时也只有夫妻离婚的，受骗的一方才能实际要求对方做出赔偿。其实这也算不上赔偿吧，毕竟不属于法定的离婚过错行为，只能说就这些年抚养孩子的费用做出赔偿而言。