两者的区别主要在于所指向的对象不同：

1、宅基地使用权确权登记指的是宅基地的使用权，不包括所有权及处置权（属于集体所有），并且宅基地使用权是不能继承及单独转让的；

2、房屋产权确权，是指地上建筑物的所有权及处置权，只要当事人双方协商一致，建筑物本身，是可以转让的；

3、需要说明的是：农村宅基地上的建筑物通常来说，没有房产证，只有土地使用权确权登记证，只有本村的农业户口人员在一户一宅的前提下，才能受让。

个人有宅基地使用权和所有权么

宅基地使用权属于个人所有，所有权属于集体所有，宅基地上的房产属于个人所有。

《中华人民共和国土地管理法》第八条城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。

第六十二条农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。

《民法典》第十三章宅基地使用权

第三百六十二条宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。

第三百六十三条宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理法等法律和国家有关规定。

第三百六十四条宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当重新分配宅基地。

第三百六十五条已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记。

《土地管理法》第九条城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。

《民法典》第二百一十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。