一是农地“三权”分置后价值权重要厘清。从本质上说，土地的价值体现在所有权、承包权和经营权三个方面，在农地集体所有的前提下，农户的权益是承包权和经营权。农地流转，实际上流转的是土地经营权。因此，在确定土地流转价格时，只能根据土地经营权这一权重来确定。目前，农村有些地方存在的“地下交易”等土地流转行为，农户之间、交易双方所谓“一次性买断”等都是不符合政策要求的。

二是政策性福利的落脚点要厘清。现在，有很多政策性补贴都是随着农地承包经营权而来的，在农地承包权与经营权分置后，这些福利是补助到承包权还是经营权，一定要根据政策要求落实到具体环节。诸如这样的福利，根据保障农民利益的原则，应该确定到农地的承包权的收益上。

三是农地权益下所承担的风险义务要厘清。有的地方搞农田水利基础设施建设，将责任与义务落实到田亩上。在承包权与经营权分置的前提下，责任与义务是归承包方还是经营方承担、所形成的资产归哪一方所有、一旦流转期满如何处置，这些问题都应该予以明确，做到依法依章办理。

四是农地保护职责要厘清。农地流转不能改变农地性质，也不能降低原有质量。在农地保护当中，要以农地经营者为主，承包者也同样具有保护农地的权利与义务，保证农地不受损害。