根据相关规定，由于出卖人的原因，买受人在下列期限届满未能取得房屋权属证书的，除当事人有特殊约定外，出卖人应当承担违约责任：

（一）商品房买卖合同约定的办理房屋所有权登记的期限；

（二）商品房买卖合同的标的物为尚未建成房屋的，自房屋交付使用之日起90日；

（三）商品房买卖合同的标的物为已竣工房屋的，自合同订立之日起90日。

合同没有约定违约金或者损失数额难以确定的，可以按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

综上所述，开发商因自身原因逾期交房后违约金的计算，合同有约定的从约定，合同没约定的，可以按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

一、商品房逾期办证的诉讼时效

从出卖人违约行为发生之日起，买受人就应当知道其权利受到侵害，其要求出卖人支付违约金的请求权随即发生，诉讼时效期间应从出卖人违约行为发生之日起算。实践中逾期办证违约金的诉讼时效计算应分三种情况处理：

第一，当事人在合同中明确约定逾期办证违约金数额的，为一时性债权，从约定或法定的期限届满之次日起算诉讼时效；

第二，当事人在合同中约定以日或月为单位累计计算违约金数额的，属于继续性债权，以每个个别的债权分别适用诉讼时效；

第三，当事人没有约定违约金或损失数额难以计算的，按照解释第十八条第二款的规定，由出卖人按照买受人已付购房款总额，参照《中国人民银行结算办法》规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金，这时累计计算出的违约金数额也属于继续性债权，应以每个个别的债权分别适用诉讼时效。

在上述第二、三种情况下，每日或每月的违约金均为独立债权，有独立的清偿期限，应单独适用诉讼时效，诉讼时效逐日或逐月届满。买受人诉请出卖人支付起诉前两年内的违约金，能够得到支持；两年前的违约金如果没有时效中断、中止或延长事由的，则不会支持。出卖人虽逾期办证，但在买受人起诉之前已办理了房产证的，应从买受人收到房产证之日起算诉讼时效。当买受人在超过两年诉讼时效期间才起诉的，如果出卖人以超过诉讼时效为理由抗辩，法院一般会驳回其诉讼请求。

二、商品房逾期办证的责任归属

我们需要判断商品房房本没有办下来的责任应该归谁，是因为购房人的不配合还是因为开发商即出卖人的原因。如果是因为开发商的原因那么开发商应该承担违约责任。

例如，开发商未按照消防设计文件施工建设，与设计文件严重不符，不符合《建设工程消防验收评定规则》，并且未整改，没法通过验收。那么这属于因为开发商的原因导致房本没有办法办理，开发商应该承担违约责任。