医疗机构发生医疗事故处罚如下：根据《医疗事故处理条例》规定，医疗机构发生医疗事故的，卫生行政部门应当根据医疗事故的等级和情节给予警告，情节严重的，责令限期停业整顿，直至原发证部门吊销执业许可证，对负责任的医务人员依照刑法关于医疗事故罪的规定追究刑事责任，刑事处罚不够的，依法给予行政处分或者纪律处分。除按以上处罚外，卫生行政部门还可以责令暂停6个月以上1年以下的执业活动，情节严重的，吊销执业证书。

怎样处理医疗事故发生

解决医疗事故的方法如下：

1、自行协商，医患双方可以自愿协商，达成的协议只要不是胁迫签署或者有重大误解，就是合法有效的；

2、行政解决方案，根据《医疗事故处理条例》，卫生行政部门可以依法调解医患纠纷；

3、司法裁决。然而，医疗事故引起的医患纠纷不同于非医疗事故引起的医患纠纷的法律适用。前者适用医疗事故条例进行裁决，后者根据民法典及相关司法解释进行裁判。

《医疗事故处理条例》第五十五条医疗机构发生医疗事故的，由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，给予警告；情节严重的，责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证，对负有责任的医务人员依照刑法关于医疗事故罪的规定，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，依法给予行政处分或者纪律处分。

对发生医疗事故的有关医务人员，除依照前款处罚外，卫生行政部门并可以责令暂停６个月以上１年以下执业活动；情节严重的，吊销其执业证书。