1、国家秘密与商业秘密，主体不同。国家秘密的主体是“国家”且只限于国家，国家是拥有国家秘密的唯一的特定的主体，由此可知，国家秘密应是一种公权，保护的是国家的整体利益与安全；而商业秘密的主体则可以为任何人，可以是法人也可以是自然人。商业秘密属于一种私权，保护的是商业秘密权利人的合法权益。

2、涉及的范围不同。国家秘密涉及的主要是国家的政治、军事、外交、国家经济、可惜技术、国家安全等重大领域内的相关信息，而商业秘密只包括在科研开发、生产经营等活动中的有关技术、经营信息。

3、取得方式、产生程序、构成条件不同。国家秘密必须通过履行必要的法定程序方能确定、取得，且其密级的确定、变更和撤销等都须依照法定程序进行。其构成条件为必须事关国家利益和安全，依照法定程序确定并限定在一定的知悉人员范围；商业秘密则是一种自动产生的权利，一经完成，当事人立刻取得受法律保护的商业秘密权，权利的形成、取得不须履行特定的法律程序，但构成商业秘密不须具备三性，即秘密性，经济性和保密性。

4、权利客体、内容及流动性不同。国家秘密的权利客体是具备法定条件的特定事项，具体的范围均由法律直接予以规定，权利内容则以保密权为主，且其流转受到保密法律法规的严格限制；而商业秘密的权利客体是具备一定条件的技术信息和经营信息，具体范围法律未作明确规定，只要符合商业秘密构成要件的信息均可构成，权利内容以占有、使用、收益、处分为主，并可以经权利人自行做主自由转让。

5、权利受侵害的危害性不同。国家秘密一旦被泄露，危害的是国家的安全和利益，如威胁国防安全，破坏国民经济秩序，有损国家的声誉等等，后果一般都较为严重。故侵犯国家秘密的，产生的主要是刑事责任；而商业秘密被侵犯，侵害的是商业秘密权利人的经济利益和市场竞争优势，危害市场经济秩序。故侵犯商业秘密，产生的主要是民事责任，以经济赔偿为主。