签订的合同与备案的合同一致的，可以认定为合同有效，如果签订的合同和备案合同不一致的，以备案合同为准。

当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

如何进行建设工程合同备案

法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，备案的流程包括以下几项：

1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。

2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。

3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。