检察院两次退侦之后，应当作出不起诉决定。人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。

一、补充侦查的期限规定是什么？

1、审查起诉阶段的补充侦查

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

2、法庭审理阶段的补充侦查

在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出补充侦查建议的，人民法院可以延期审理，补充侦查应当在1个月以内完毕。

另外，合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料中没有这方面的证据材料的，可以建议人民检察院补充侦查。

二、公安机关对退侦撤案的案件怎么处理？

1、对于证据不足的，公安机关应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送检察院审查起诉；对无法补充的证据，应当作出说明。补充侦查后即使证据依然不够充分，公安机关也不能自行处理，只能移送检察院审查决定起诉或者不起诉。

2、在补充侦查过程中，公安机关发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送检察院审查。这时，侦查羁押期限和审查起诉期限存在重新计算的问题，但公安机关不能撤销原案件。

3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，如发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪嫌疑人有符合条件的不追究刑事责任的法定情形的，公安机关应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的检察院。