根据相关法律法规规定，有限责任公司按照净资产整体变更为股份公司时，个人股东以未分配利润转增股本取得的股本数额，应当依法缴纳个人所得税，而公司持股无需缴纳。

(1)根据现行法律法规明确规定，就股份制企业除注册资本外的资本公积、盈余公积及未分配利润转增股本中个人股东取得的转增股本数额，应甄别缴纳个人所得税。

1、以税后利润中提取的法定盈余公积和法定公益金转增股本即以盈余公积转增股本；

2、以未分配利润转增股本；

3、以股票溢价或自然人股东原始出资所形成的资本公积以外的其他资本公积转增股本，实际上是向股东分配了股息、红利，个人股东再以分得的股息、红利增加注册资本，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。

虽然国家税务总局也明确税后利润不分配、不投资的，从第次年起应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，但根据该等内容无法推导得出以未分配利润转增股本就不需要征收个人所得税的结论，进一步，无论是国家立法还是地方立法层面，均未出台任何关于以未分配利润转增股本无需缴纳个人所得税的法律法规。

实践中，从证监会最近审核通过的上市公司反馈情况来看，证监会发审委对该问题关注颇多，绝大部分上市公司依法缴纳或者接到反馈意见后再行补缴。

(2)虽然现行法律法规中并未明确有限责任公司整体变更设立股份有限公司时就净资产折股转增股本的个人所得税缴纳问题，但由于：

1、折股的净资产实质由实收资本、资本公积、盈余公积和未分配利润四部分组成的；

2、整体变更为股份有限公司时公司股本总额增加，从实质上看仍存在向个人股东分配了股息、红利，个人股东再以分得的股息、红利增加注册资本的应税内容。

实践中，从证监会最近审核通过的上市公司反馈情况来看，绝大部分上市公司都依法扣缴了整体变更设立股份有限公司阶段所发生的个人所得税，小部分未缴、免征或缓缴的上市公司自然人股东均向证监会出具了纳税承诺函或事后补缴。