1、在生产经营中，违反国家法律、法规、规章，构成投机倒把违法违章行为的，其非法所得的计算方法是：凡有进销价（包括批发价、零售价）的，以销价与进价之差作为非法所得；属于生产加工的，以生产加工的产品的销价与成本价之差作为非法所得。（直接费用是指正当的运输费、保管费、差旅费等三种直接用于生产经营活动的费用）．

2、（为投机倒把活动提供运输工具收取的运输费是否属“非法所得”：当事人为投机倒把活动提供运输等其他方便条件，构成《投机倒把行政处罚暂行条例》第三条第一款第（八）项规定之行为的，其从中获取的经济利益包括运输费，应视为非法所得；如果当事人只是在从事正常的运输业务中上当受骗，未构成投机倒把的，其所收取的运输费，不应视为非法所得）。

3、“成本价”，即生产加工产品的原材料购进价格，不含生产加工过程中的其它费用。

2、为投机倒把违法违章活动提供货源、支票、现金、银行帐户等其它方便条件，或者代出证明，代开发票，代订合同以及虽未直接参与违法经营活动，但在违法活动中采用各种手段，牟取非法利益的，以全部非法收入作为非法所得。

3、投机倒把违法违章行为人如在工商行政管理机关作出处理决定之前已缴纳税款的，在计算非法所得时应予以扣除，未交纳的不予扣除。

4、在计算非法所得时，如有商品已经售出，货款尚未收到的情况，也应包括在内。

总结为以下公式

生产的：销价—成本价格（指原材料购进价格）—已交税金。

经销的：销价—进价—已交税金。

为投机倒把提供货源等方便条件的以全部非法收入作为违法所得。

倒卖票证的违法所得等于全部销售款。

商品已售出，货款未到应计算违法所得。

无照经营、超范围经营非法所得计算方法：

无照经营的案件违法所得计算方法按投机倒把案件方法计算违法所得。

没有任何正式票据的按其全部收入为违法所得。

对个人无照经营案件难以确定的按违法行为人口述或提供的书面清单做为确定违法所得的依据。

对未经工商行政管理机关登记生产假冒伪劣商品的不扣除生产加工成本。

对经核准登记但经营方式中无生产加工方式擅自加工假冒伪劣商品，不扣除生产加工成本。

关于商标侵权案件中非法经营额计算问题

在商标侵权案件中，侵权人所经营的全部侵权商品（已销售的及库存的）均应计算非法经营额。对于生产、加工商标侵权商品的其非法经营额为其侵权商品的销售收入与库存侵权商品的实际成本之和；对于侵权人的原因导致实际成本难以确认的，视其库存商品的数量与该商品的销售单价之乘积为实际成本；没有销售单价的，视其库存商品的数量与被侵权人的同种商品的销售单价的乘积，为库存商品的实际成本。对于经销商标侵权商品的，其非法经营额为其所经销的侵权商品的销售收入与库存侵权商品的购买金额之和；购买金额难以确认的，以其库存商品的数量与被侵权人的同种商品的销售单价的乘积为库存商品的购买金额；对于侵权商品的成本或购买金额高于销售收入的，其非法经营额则为该商品的成本或购买金额。

违法所得怎么认定

获取非法收入的手段是非法的。非法所得是以法律禁止的手段取得的。正是这一基本特征将违法所得与行为人的个人合法财产区分开来。因为获取非法所得的渠道是非法的，即使行为人实际拥有财物，也不能取得法律承认的所有权，这也是追缴或者返还违法所得的法律依据。2、非法所得具有经济价值。行为人通过各种非法手段获取非法收入的根本目的是追求这些财产的经济价值，如货币、有价证券、文物、房屋等。由于其经济价值，为执法部门的认定提供了衡量标准。3、非法所得具有多样性和复杂性。违法所得不仅包括行为人通过犯罪手段取得的财产，还包括司法机关确认犯罪嫌疑人无罪后，特定机关非法取得的财产。此外，在司法实践中，违法所得并不总是单独存在的。它经常与各种财产混在一起，如赃款、供犯罪使用的个人财产和违禁品。只有准确区分二者之间的关系，才能把握非法所得的范围。4、违法所得只能由国家授权的特定机关通过一定的程序予以确认。违法所得的认定直接关系到被害人财产权益的保护，涉及违法行为人合法财产和违法财产的准确界定，关系到国家机关的分工和执法公正。因此，违法所得必须经过一定的程序，由特定机关认定。这里有两种特殊的情况：1、行政执法机关根据有关行政法规，对行政相对人作出没收违法所得的行政处罚；2、司法机关对刑事案件中违法所得予以追缴或者退还的决定。