农村水污染主要是由于乡村企业和规模化养殖业环保措施不足，农业生产面源污染等多种因素构成。据调查统计：目前，全市80%的河流受到不同程度的污染，农村饮用水中大肠杆菌超标，部分饮用水受到有机污染，许多地方的地下水已经不适于饮用，严重影响了人民群众的身体健康和农村经济的健康发展。据统计，玉林市饮用受污染水的农村人口达88.25万人，占全市农村人口的16.7%。突出的县如博白县，2004年博白县进行的饮用水质污染情况调查统计显示：全县受饮用水质污染的人口共有34.77万人，占全县农村人口的23.4%。该次调查采集水样中有106份水样污染超标严重，经化验分析，色度最高为40度，超标0.33倍;细菌总数最高65000个/ml，超标129倍;总大肠菌群>1600个/L，耗氧量最高11.5mg/L，超标3倍。

农村水污染，造成如下的危害：一是威胁着农村居民的身体健康。玉林市农村饮用水，大部分是直接采用地表水或浅层地下水，未经任何的处理，水环境的恶化，直接影响农民的身体健康。近年来农村青年兵检合格率降低，有些村社多年兵检未有合格者，主要原因是饮用受污染的水。凤山镇二中甲肝的暴发便是水源受污染所致。二是生态环境迅速恶化。由于农村水环境污染严重，一些河流鱼虾死绝，物种迅速减少。村中臭气熏天，影响村容村貌，影响招商引资。三是造成农村社会不稳定。由于企业或养殖业污染，造成恶臭熏天，蚊蝇孳生，细菌繁殖，疾病传播，引起邻里纠纷，引发新的社会矛盾。群众生病增多，因病致贫，造成社会不稳。