在公司上班缴纳三险一金可以不停止合作医疗。新型合作医疗以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度，属于基础医疗保险，可以由个人和工作单位共同缴纳。在缴纳三险一金的同时，个人有选择是否缴纳新型农村合作医疗的权力。

三险一金的好处

好处一：个人缴存后资金翻倍。个人按5％—12％缴存，单位按同等比例补贴。因此，职工个人按规定缴存住房公积金后，资金翻一番。

好处二：计付利息。当年缴存的住房公积金，按活期利率计付利息，上年结转的，按三个月整存整取利率计付利息。

好处三：免税。根据国家有关规定，住房公积金免征个人所得税；企业为职工缴纳的住房公积金，可在税前扣除。

好处四：归职工个人所有。住房公积金是单位及其在职职工依法缴存的政策性资金，归职工个人所有，中心专户储存，统一管理运作。

好处五：可提取用于购买、建造自住往房。缴存住房公积金的职工，购买、建造自住住房时，可凭相关合法有效证件资料提取住房公积金。

《中华人民共和国社会保险法》

第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。

第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。