由总公司向工商局申请。

分公司能不能升级成为子公司，要依据该公司对注册子公司的相关规定，经总公司同意后直接向工商局申请，通过工商局审批同意后就可以升级为子公司。

《中华人民共和国公司法》第十四条

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。