1、针对的人群不同：城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。而新农合针对的人群是农村户口的人群。

2、系统管理不同：新农合是卫生局的业务，而城镇医保属于社保系统管。

3、筹资水平不同，报销比例也有区别。城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80％以上，城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用报销比例分别达70％左右和75％左右。

4、报销上的差别：新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。