一、处理运输合同纠纷的基本原则

1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖；

2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；

3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。

二、运输合同纠纷管辖法院怎么确定

首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。

如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。

因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。

根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件；协议管辖是要式行为，必须采用书面形式；协议管辖当事人可选择的法院有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院；当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定；当事人选择法院时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。

三、运输合同纠纷诉讼主体资格

1、承运人、托运人均可成为适格原、被告；

2、两个以上承运人以同一运输方式联运的情况下，托运人起诉与其签订合同的承运人的，应将损失发生区段的承运人列为共同被告；

3、托运人的过错造成多式联运经营人损失的，即使托运人已经转让多式联运单据，适格被告仍应为托运人而非受让人；

4、收货人是合同的利害关系人，可列为案件第三人。