建筑施工合同与备案合同不一致，应当以已经备案的合同为准。

1、施工合同与备案合同如果不一致以已经备案了的合同为准

相关法律规定：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”

当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

2、备案的流程

(1)网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。

(2)办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。

(3)正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。

一、施工合同需要在哪个网上备案

施工合同备案需要承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报。

备案的流程如下：

（一）网上申报。首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。

（二）办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。

（三）正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。

法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。