一般情况下，在事故处理期间，运管所因为扣留车辆发生的停车费等其他相关费用是由作出决定的公安机关交通管理部门承担。

特殊情况下，如公安机关等交通管理部门已经通知当事人限期领取车辆，当事人超过时间仍然未领取得，其产生的相关停车费用应该由当事人自行承担。

非法营运如何认定

非法营运的认定方式为：

1．使用报废的、擅自改装的、拼装的、检测不合格的客车从事道路客运经营的，应当认定为非法营运；

2．挂靠从事道路客运经营的，应当认定为非法营运；

3．租赁道路运输经营许可证件从事道路客运经营的，应当认定为非法营运。

法律依据：

《道路旅客运输及客运站管理规定》第五条

国家实行道路客运企业等级评定制度和质量信誉考核制度，鼓励道路客运经营者实行规模化、集约化、公司化经营，禁止挂靠经营。

《中华人民共和国道路交通安全法》第第九十三条对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。

公安机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。