工程挂靠纠纷的处理方法如下：

1、按照平等互利、协商一致的原则加以协商处理；

2、协商不成时，可以根据建筑工程挂靠合同的约定交由指定机构进行仲裁；

3、仲裁仍未解决的，可以向建筑工程所在地的人民法院提起诉讼。

一、工程挂靠的具体处罚如下：

1、建筑施工企业转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本企业的名义承揽工程的，责令改正；

2、没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；

3、情节严重的，吊销资质证书。

二、挂靠公司的职务侵占的处罚标准如下：

1、公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；

2、数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。

综上所述，工程挂靠纠纷的处理方法是按照平等互利、协商一致的原则加以协商处理；协商不成时，可以根据建筑工程挂靠合同的约定交由指定机构进行仲裁；仲裁仍未解决的，可以向建筑工程所在地的人民法院提起诉讼。

建筑工程挂靠如何防范风险？

首要，要狠把质量关，守住生命线。由于工程验收合格是挂靠人主张工程价款的前提条件，所以挂靠人必须格外重视工程质量问题。如果质量验收不合格，总包合同和挂靠合同中的价款条款虽然不因该合同无效而无效，但根据司法解释的规定挂靠人却丧失了主张支付工程款的法律依据。如果质量合格，就增加了挂靠人主张自己合法权利的底气，获得相应工程款的可能性大大增加。其次，要善于运用司法解释直接向发包人主张权利。

《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第十八条利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：

（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；

（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；

（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。