因为所有对外的关联合作经济活动都是以关联企业的名义进行的，在内部它们是独立的民事主体，有着各自的利益。关联企业利用关联企业的资质、品牌、声誉等优势对外承接项目，最大限度地谋求自身利益。除了向关联企业上交一定的管理费外，所有的施工活动都由关联企业独立进行，因此关联企业很难实施有效的监督。关联企业对外负责后，应当依法承担法律责任。比如，在施工过程中对工程质量、交货期、工程资金使用、工资支付、材料支付、工伤、死亡和维修等任何环节的纠纷，关联企业都将承担责任。关联经营的财务风险是因为关联企业被纳入关联企业的统一核算，内部会计独立，自负盈亏，并经常为自身利益提供虚假的会计信息。关联企业借款，可以向关联企业提供比实际财务状况好得多的虚假信息，达到为关联企业借款的目的，财务风险完全由关联企业承担。在会计上，联营企业和联营企业有各自的账户，按照各自的经营活动进行核算。关联企业向关联企业报送内部会计报表，合并后关联企业向税务机关申报纳税。由于建筑业营业税缴纳时间与项目资金实际决算时间存在时差，必然给关联企业的会计实务操作和纳税申报带来困难。关联企业为了达到少纳税甚至不纳税的目的，会想方设法增加支出，隐瞒收入，甚至伪造、销毁会计凭证和会计信息。税务部门一旦发现逃税漏税问题，关联企业将承担税收风险，遭受经济和声誉的双重损失。