刑事证据不足民事赔偿案件不会留下案底。民事纠纷的主体之间法律地位平等，其内容是对民事权利义务的争议，同时，民事纠纷具有可处分性，故民事纠纷不会留下案底。民事纠纷由法院负责管辖并裁决，法院会对民事纠纷案件存档。所以在民事纠纷案件中，法院会有案件记录。但案件记录只是法院的案件档案，不是行政处罚案底也不是刑事犯罪案底。

一、民事纠纷的处理机制是怎么样的

1、自力救济自力救济，包括自决与和解。它是指纠纷主体依靠自身力量解决纠纷，以达到维护自己权益的目的。自决是指纠纷主体一方凭借自己的力量使对方服从。和解是指双方互相妥协和让步。

2、社会救济社会救济，包括调解(诉讼外调解)和仲裁。他是只依靠社会力量处理民事纠纷的一种机制。调解是由第三者(调解机构或调解人)出面对纠纷的双方当事人进行调停说和，用一定的法律规范和道德规范劝导冲突双方。调解协议不具有法律上的强制力，但具有合同意义上的效力。仲裁是由双方当事人选定的仲裁机构对纠纷进行审理并作出裁决。仲裁不同于调解，仲裁裁决对双方当事人有法律上的拘束力。

3、公力救济公力救济，包括诉讼和行政裁决。民事诉讼是指法院在当事人和其他诉讼参与人的参加下，以审理、判决、执行等方式解决民事纠纷的活动，以及由这些活动产生的各种诉讼关系的总和。