强奸案件中的立案证据一般主要有以下几种：

1、被害人陈述。被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。

2、犯罪嫌疑人供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。

3、发现场遗留的物证：如或可证明有性行为发生的场物品类证据，如遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。

4、受害人可能遭受暴力的物品类证据，如被撕扯破的衣物、衣扣等；遗留的刀具、棍棒等凶器等。

5、受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品。

6、现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加春药、麻醉剂的现象，此类物证也需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。

一、强奸罪的认定

根据刑法规定，强奸罪，是指违背妇女的意志，以暴力、胁迫或者其他手段强行与妇女发生性关系的行为。这一犯罪的主体一般是男子。教唆、帮助男子强奸妇女的女子，也可以成为强奸罪的共犯。强奸罪的客观行为为表现为违背妇女意志强行与妇女发生性关系。它具有以下特征：

1、必须是违背了妇女的真实意愿。

判断与妇女发生性关系是否违背妇女的意志，要结合性关系发生的时间、周围环境、妇女的性格、体质等各种因素进行综合分析，不能将妇女是否反抗作为判断是否违背妇女意愿的惟一要件。对于有的被害妇女由于受到威胁、害怕等原因而不敢反抗、失去反抗能力的，也应认定是违背了妇女的真实意志。同无责任能力的妇女（如呆傻妇女或精神病患者）发生性关系的，由于这些妇女无法正常表达自己的真实意愿，因此无论其是否同意，均构成强奸妇女罪。

2、行为人必须以暴力、胁迫或者其他手段，强行妇女发生性关系的行为。

这里所说的暴力手段，是指犯罪分子直接对被害妇女施以殴打或人身强制等危害妇女人身安全和人身自由，使妇女不能抗拒的手段：胁迫手段，是指犯罪分子对被害妇女施以威胁、恫吓，进行精神上的强制，以迫使妇女就范，不敢抗拒的手段。如以杀害被害人、加害被害人的亲属相威胁的；以揭发被害人的隐私相威胁的；利用职权、抚养关系、从属关系及妇女孤立无援的环境相胁迫等等。其他手段，是指犯罪分子使用暴力、胁迫以外的使被害妇女不知抗拒、无法抗拒的手段，如假冒为妇女治病而进行奸淫的；利用妇女患病、熟睡之机进行奸淫的；将妇女灌醉、麻醉后进行奸淫的等等。

二、强奸罪的法律依据

《刑法》

第二百三十六条强奸罪

以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：

（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；

（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；

（三）在公共场所当众强奸妇女的；

（四）二人以上轮奸的；

（五）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。